东南大学数学系可追溯到由著名数学家熊庆来先生1921年开创的东南大学算学系。1952年全国院系调整后，当时的南京工学院把所有基础学科合并成立基础科学系，1984年成立数学力学系，1997年成立应用数学系，2002年更名为数学系。
早在南京工学院时期，数学学科的科研就取到了较好的成绩，并形成了自己的应用数学特色——与工程技术问题紧密结合。近二十年来，我们坚持了自己的特色，不仅在应用理论研究、而且在数学理论本身也得到了很多有影响的结果，培养了许多优秀人才，建立了一支年龄结构合理、有较高学术水平的科研队伍。近年来我系学科建设和科研成果丰硕，在2006年全国数学一级学科排名中列全国第23位；应用数学学科被评为江苏省重点学科；近四年来共主持国家自然科学基金项目16项，国家自然科学基金中英合作研究项目1项，主持国家社会科学基金项目2项，教育部重点科研项目1项，高等学校博士点专项基金项目2项，江苏省自然科学基金项目3项；发表SCI论文两次进入全国高产机构行列(分别是第18位和第16位)；曾获教育部科技进步二等奖和三等奖，中国高校自然科学二等奖，江苏省科技进步二等奖和三等奖，国家统计局优秀科技成果一等奖等奖励。特别是在今年的国家自然科学基金申报中，我系共有7个项目获得资助（其中面上项目4项，青年基金3项）。
青年教师是我系科研的新的增长点，也是我系将来的科研和学科建设的希望。近年来我们制定了一系列的政策，创造条件积极帮助青年教师提高科研水平，鼓励发表高水平论文和申请各种基金项目，如对刚引进的教师和有较好科研能力但近期无科研经费的青年教师给予科研启动经费支持，对青年教师发表高水平论文给予经费的奖励，对国家自然科学（青年）基金项目进行配套经费支持，并给予一定的教学工作量减免；要求所有青年教师明确其研究方向，参加相应的讨论班，并指定业务导师指导其科研工作和基金申报；举行每周一次的青年教师论坛，要求每个青年教师报告其最新科研成果。通过学术交流，相互促进，营造了良好的科研氛围，提高了学术水平。以上措施取得了初步的效果，近三年我系共获得7项国家自然科学（青年）基金和2项国家自然科学（天元）基金。
研究生导师特别是博士生导师是我系科研工作的主要力量，近年来我系获得的自然科学基金的面上项目均由他们主持。我们一直积极采取各种措施，如提供较好的办公条件﹑一定的学术交流经费，鼓励其出国进修访问进行合作研究。通过举办国际和国内各种学术会议，邀请国内外专家来我校讲学，积极营造良好的学术氛围。同时，我们还积极与我校其他学科在人才培养和学术研究等方面密切合作，申报各种基金项目，也为其他学科输送了一批优秀人才。
当然，我们的科研工作还面临着各种不利条件，例如，由于承担大量本科生和研究生的公共数学课程，教师的教学任务繁重，极大地限制和制约了科研发展；因历史和学校合并等原因，部分教师多年来一直从事繁重的公共课教学任务，限制了这部分教师在科研方面的进一步发展，使得我系目前从事科研工作的教师占比过低；科研获奖明显不足，在国内外有较大影响的学术带头人数量偏少。
我们将继续制定与实施多种促进科研发展的政策和措施，如建立学术假期制度，给承担国家自然科学基金的教师提供更好的工作条件，在经费和时间上保证其科研任务的顺利完成；进一步加强青年教师的培养和扶持力度，使其取得更好的科研成果；加强具有较高水平的教师、特别是学术带头人的引进力度，进一步提升我系的科研水平；扩大教师队伍规模，降低教师的人均教学工作量，使教师有更多的时间和精力从事科研工作；通过举办学术会议和邀请国内外专家讲学，促进学术交流，扩大我校影响，提高我校和我系的学术声誉；积极鼓励和组织申报各类基金项目和省部级以上科技进步奖和自然科学奖；进一步采取措施，鼓励和支持教师（特别是青年教师）出国交流学习和进行合作研究，利用国外较好的氛围和条件取得更高水平的科研成果；进一步加强学科交叉，与工科合作联合申报基金项目，体现我系理工结合的科研特色，促进我校科研发展。 (数学系 薛星美)
