1920年4月7日，在南高校务会上，郭秉文提出在南高基础上创办一所国立大学。与会委员一致同意，并认为学校可暂名为“东南大学”。
经过反复斟酌，最终确立了东大发起人的十人名单，他们是：中国头牌实业巨子张謇、著名教育家蔡元培、曾任外交部长的王正廷、历任教育部视学等职的袁希涛、著名教育家蒋梦麟、江苏省教育会会长沈恩孚、民末江苏省教育司司长黄炎培、工商巨子穆藕初、南高老校长江谦、南高时任校长郭秉文。
张謇等人随后致信国务院和教育部，信中说道：各国学者都已意识到大学教育之重要性，故今后必将成为大学教育发达之时代。张謇认为，美国区区一亿人口，尚有大学五百余所。然而东南一带学者百万，却没有一所完备的大学，实在让东南雅士汗颜。
1920年12月16日，“东南大学筹备处”正式成立，郭秉文任主任，同时拟定校董会章程并考虑董事人选。筹委会认为，筹建大学定耗资颇多。应该多管齐下筹集资金，尤其应该借鉴西方国家的做法，设立校董会以求社会之赞助，这个建议得到了教育部的首肯。
1921年6月6日，各项筹备工作就绪，筹备处邀请全体校董到上海江苏省教育会召开成立大会。后来，学校就把6月6日作为东大校庆日。
当年8月24日到26日，东大预科和南高同时招生。8月27日，教育部核准南高校长郭秉文兼任东大校长。12月26日，南高并入东大。1923年7月3日，南高撤牌，南高附属中小学同时改名为东大附属中小学。
值得一提的是，为办好附中，东大投入大量人力，罗家伦、郭秉文、甘梦里等著名学者先后在附中任教。从1921年到1925年，东大在四年间为附中投资30余万元。为中学投入如此之多的资金，这在当时实属罕见。东大为附中购置40架显微镜、40架英文打字机，可供全班同学同时做生物实验或者打字。这一时期，附中培养出刘晓、巴金、李国鼎等诸多人才。
郭秉文竭力把东南大学办成现代综合大学。他认为，一所综合大学必须同时具备理学和应用学科。因此东大开设文、理、工、农、商、教育等学科，学科数量在全国首屈一指。
东大注重理论联系实际，除了学校自身的百亩农场以外，租用大胜关农场1800亩，租借外省外地农场千余亩；将玄武湖作为水生植物和鱼类试验地；将北极阁气象台、钦天山以及中央观象台所属江宁测候所作为地学系实验、实习场所。为方便了解各种经济信息和延请师资，将商科迁往上海，成为东大分设上海商科大学。1923年，校董会为上海商科大学购地建房。
郭秉文认为，图书馆是知识宝库，体育馆是强身的需要，科学馆是研究的中心。20年代，东南大学把建立“三馆”作为改善办学条件的重要举措。
学校聘请杭州之江大学教授到校任校舍建设股股长。经过反复考量，决定以四牌楼为中心，向四周发散性地建设校园，并请上海东南建筑公司绘图。
社会各界纷纷慷慨解囊，为东大建设添砖加瓦。校董穆藕初资助东大教师出国费用6万两白银；校董黄炎培考察南洋之际，拜访华侨张步青先生，请其把位于南京丁家桥的南洋劝业会旧址捐献给东大办学。
1921年，张謇、蔡元培等校董为东大筹建图书馆，先后向社会发出募捐启事，学校拟《东南大学图书馆募捐章程》，说明对独自出资建馆者，可以以捐资者之别号命名。若为集资修建，可以置铜牌以留芳名。郭秉文劝说江苏督军齐燮元出资16万元建馆，落成后以齐燮元之父命名“孟芳图书馆”。
对于体育馆的兴建，省财政厅仅同意拨款59000元盖主楼，而游泳池等配套设施的建设资金没有着落。校董会发布募捐启事，筹措资金。1922年1月，东大图书馆、体育馆举行立基典礼。典礼当天，省公署同意承担兴建配套设施的支出41000元。
1922年，美国洛克菲勒基金会中国医药部拟在中国科学力量最强大的大学建造一所学馆，请孟禄博士会同协和医院工作人员到有关学校调查。结果，孟禄博士一行认为东大的科研实力位居全国第一。翌年，洛克菲勒基金会与东南大学会商决定建造科学馆（今健雄院）。科学馆于1924年破土动工，1927年建成。建馆费用20万元美元，中美各承担一半，其后，洛克菲勒基金会又捐资5万美元用于购买设备。
1924年，东大校董筹资10万元，用于建造生物馆（今中大院），洛克菲勒基金会又一次解囊相助。此外，学生宿舍和农具院也相继建成。学生宿舍的建设费用以银行投资方式筹得；农具院则由校董穆藕初独资建成，建造该院是为了征集中外各式农具，用于展览和实验。农具院建成以后，美国合众收获农具公司曾运来49箱农具。
至此，东南大学建立“三馆”的梦想终于变成现实。
在20世纪20年代的中国，大多数学校经费紧张，很多学校连教职工工资都支付不了。东南大学却能兴建高品位的“三馆”，这不能不说是创造了一个奇迹。图书馆、科学馆和生物馆在当时堪称一流建筑，很多人纷至沓来以一睹其风采。现在，“三馆”魅力不减当年，它们一直被沿用至今，吸引许多校内外人士前来驻足观瞻。
唐瑭整理本文参考：《东南大学史》（第一卷）、《毓秀东南》
